איראן והציר הפרו-איראני במזרח התיכון מציבים בפני ישראל שורת אתגרים ארוכי טווח וקצרי טווח. תוכנית הגרעין האיראנית לצד מערכי הטילים ארוכי הטווח והכטב"מים שבידי איראן ושלוחיה מגלמים איום אסטרטגי חריג על ביטחונה הלאומי של ישראל. בנוסף, השפעתה האזורית של איראן באמצעות שלוחיה ושותפיה בלבנון, בעיראק, בתימן ובזירה הפלסטינית מציבה אף היא אתגר משמעותי בפני ישראל. אף כי הציר הפרו-איראני באזור ספג מהלומות קשות מאז ה-7 באוקטובר, ובמיוחד לנוכח הצלחותיה האופרטיביות של ישראל מול חזבאללה וחמאס וקריסת משטר אסד בסוריה, איראן טרם ויתרה על שאיפותיה האזוריות.
תוכנית המחקר "איראן והציר השיעי" נועדה להעמיק את הידע והמחקר בתחומי העניין השונים הנוגעים לאיראן (לרבות תוכנית הגרעין, מאמצי ההתעצמות האיראנית, קשרי החוץ שלה, מעורבותה האזורית ומצבה הפנימי) ולפעילות הציר הפרו-איראני באזור, ובמרכזו חזבאללה, המיליציות השיעיות בעיראק והחות'ים בתימן. זאת, כבסיס לגיבוש אסטרטגיה כוללת מול איראן והציר השיעי והמלצת מדיניות לשם בלימת האיומים הנשקפים לישראל מצד איראן והציר שבהובלתה.