ירדן הייתה מאז הקמתה חוליה מרכזית בקשת מדינות ערב המקיפות את ישראל, והיחסים עמה מורכבים יותר מהיחסים עם השכנים האחרים. במלחמת העצמאות ב-1948 השתלטה ירדן על הגדה המערבית של נהר הירדן ומזרח ירושלים, ומצאה עצמה שולטת על הפלסטינים – פליטים ממדינת ישראל ואלה שבגדה. סיפוח הגדה לירדן הפך את ההאשמים, שליטי הממלכה, למיעוט בארצם. העובדה שב-1967 איבדה ירדן את השליטה על כל השטחים אותם כבשה ב-1948 לא מונעת ממנה לגלות מעורבות וענין בכל הקורה בהם, ובמיוחד במזרח ירושלים. הסכם השלום בין ירדן וישראל מ-1994 משרת את האינטרסים של שתי המדינות, אף כי המשטר הירדני מצוי תחת לחץ פנימי מתמיד לצמצם ולהצניע את היחסים.
למורכבות המצב הדמוגרפי והכלכלי של ירדן נוספה בעשור הקודם בעיית הפליטים הסורים, שככל הנראה לא יחזרו בשנים הקרובות לארצם, ועם ההשלכות הכלכליות והמשפטיות של מציאות זו יאלץ המשטר ההאשמי להתמודד.
המחקר במכון עוסק במעקב אחרי ההתפתחויות בזירה זו, במגע עם הגופים בממשלת ישראל וגורמים בירדן, ומעלה הצעות לקידום היחסים בין שתי המדינות.
ישראל וירדן: תלות הדדית של מים ואנרגיה