היחסים בין ישראל לפלסטינים, הנמצאים במרכז השיח בנושא הביטחון הלאומי הישראלי, הם בעלי השלכות נרחבות לגבי ביטחון ישראל. אף שאין זה מקרה קלאסי של עצמה צבאית המאיימת על ביטחון ישראל, מדובר בסוגיה רגישה הנתונה לוויכוח לוהט בישראל. הכוח העקיף הרך של הפלסטינים והיכולת לשבש את הדינמיקה האזורית הוא עניין לדאגה עמוקה עבור ישראל. הפלסטינים יכולים באופן פוטנציאלי לערער את יציבות האיזון הדמוגרפי במדינת ישראל ולשנות את אופייה הלאומי. קירבתם של האזורים המיושבים על-ידי ערבים אל מרכזי האוכלוסייה הישראלית מאפשרת להם לשבש את שגרת החיים בישראל על ידי ביצוע פעולות טרור ביישוביה. נוסף על כך, לסכסוך הישראלי-פלסטיני נודעת השפעה רבה על “הרחוב” הערבי והמוסלמי ועל היחס של העולם הערבי והמוסלמי כלפי ישראל והמערב. ישראל ניסתה אמצעים צבאיים ופוליטיים שונים כדי לנהל את הסכסוך הזה וכדי לנסות ליישב אותו, עד כה בהצלחה מוגבלת. מטרתה המרכזית של התוכנית יחסי ישראל-פלסטינים היא לבחון ולנתח את הסכסוך מנקודת הראות הרחבה ביותר האפשרית, בניסיון לעצב המלצות למדיניות בתחום הביטחוני והמדיני, היכולות לסייע בטיפול בבעיה זו, שהיא בעלת חשיבות ורגישות רבה ביותר.