מצרים היא שכנתה הדרום-מערבית של ישראל, וחשיבותה המרכזית לביטחונה הלאומי נובעת ממכלול היבטים: היותה המדינה הערבית המאוכלסת ביותר, אשר מונה כיום מעל למאה מיליון תושבים; גבולה המשותף עם ישראל שאורכו 208 ק"מ (בניית גדר ההפרדה בגבול הושלמה בדצמבר 2013); אינטרסים משותפים בהתמודדות מול אתגרים ביטחוניים של טרור והברחות בחצי האי סיני וברצועת עזה; עסקאות ארוכות טווח בתחום הגז והאנרגיה; שיתופי פעולה כלכליים, מסחריים ותעשייתיים (אם כי מוגבלים); וכמובן, הסכם שלום אסטרטגי ויציב, שציין במארס 2024 ארבעה עשורים וחצי. לכך ניתן להוסיף את מעמדה המיוחד של ארץ הנילוס משחר ההיסטוריה של עם ישראל, את תפקידה המרכזי מראשית הסכסוך הישראלי-הערבי ואת היותה המדינה הערבית הראשונה שחתמה על הסכם שלום עם ישראל.
כיום, כמו גם בעבר, מהווה מצרים כוח פוליטי, צבאי ותרבותי דומיננטי ומוביל באזורנו, אשר משפיע על מכלול תהליכים ומאזני כוח במזרח התיכון, באפריקה, בים התיכון ובים האדום. מחקרי המכון עוסקים במרכיבים מגוונים: הבנת התהליכים הפנימיים הפוליטיים, החברתיים והכלכליים המתחוללים במצרים, והשפעתם על יציבותה נוכח הטלטלות שחוותה מאז מהפכת ה-25 בינואר 2011; יחסי החוץ של מצרים באזור עם מדינות ערב ועם איראן וטורקיה; קשריה של מצרים עם המעצמות – ארה"ב, רוסיה, סין והודו; מדיניותה של מצרים מול מכלולים גאוגרפיים במזרח הים התיכון (בדגש על יוון, קפריסין ואיטליה) ובאפריקה (בדגש על לוב, סודאן ואתיופיה); תפקידה של מצרים בזירה הפלסטינית ובמארג היחסים הישראלי-פלסטיני, בדגש על תפקידיה בעיצוב עתידה של רצועת עזה.
דגש מיוחד ניתן במחקרי המכון ליחסי ישראל-מצרים, למעקב אחר מגמות שיח ודעת קהל במצרים בנושאים הנוגעים לישראל וליהודים ולמאמצי בניית השלום והרחבת מישור היחסים בין שתי המדינות בתחומי הביטחון, הכלכלה, האנרגיה, המדע, התיירות והתרבות. מחקרי המכון שמים להם למטרה לאתר נתיבים חדשים לפיתוח יחסי השלום, להגברת יציבותם ולהידוק הקשרים האזרחיים בין שני העמים, הישראלי והמצרי.
בשם אללה: הפולמוס האסלאמי סביב השלום עם ישראל