המכון למחקרי ביטחון לאומי יוזם ומנהל מחקרים במגוון של תחומים, תוך התמקדות בסוגיות הרלוונטיות לביטחונה הלאומי של ישראל. המכון מפרסם את תוצאות מחקריו בספרים, במאמרים, כדו"חות מיוחדים ובתזכירים. רוב הפרסומים רואים אור בעברית ובאנגלית, במקביל. מלאכת המחקר נעשית תוך שילוב ייחודי בין אנשי אקדמיה לבין אסטרטגים ואנשי מקצוע מן הממשלה, הצבא, השירות הדיפלומטי ומתחומים רלוונטיים אחרים.

מאז ייסודו, המכון ביצע עבודת מחקר מעמיקה בתחומים הקשורים באופן מסורתי לביטחונה הלאומי של ישראל: המזרח התיכון כזירה אסטרטגית; דוקטרינת הביטחון של מדינת ישראל; הסכסוך הישראלי-פלסטיני; העולם הערבי; בקרת נשק וביטחון אזורי; טרור וסכסוך בעצימות נמוכה ויחסי ישראל–ארצות הברית. לאורך השנים, התמקדות המכון למחקרי ביטחון לאומי חרגה אל מעבר לאזור הקרוב למדינת ישראל וכללה את סין, רוסיה, אירופה ותחומים חדשים נוספים, בהם חוסן חברתי, כלכלה, לוחמה משפטית, סייבר, אנרגיה, שינויי אקלים ועוד.

חוקרי המכון פועלים על פי ארבעת ערכי הליבה שלו: מקצועניות, רלוונטיות, עצמאות אינטלקטואלית ועבודת צוות. הם מעורבים בחקר הסוגיות המרכזיות של הביטחון הלאומי בישראל תוך היצמדות לסטנדרטים הגבוהים ביותר של מחקר וניתוח אקדמי, ותורמים באמצעות חשיבה חדשנית ויצירתית לקובעי המדיניות בתחום. בבסיס עבודת צוות המכון עומדות יושרה מקצועית והקפדה אינטלקטואלית, כחלק משאיפתם לשיתוף רעיונות וללמידה הדדית, ובמקביל לשימור תפישותיו וערכיו של כל אחד מהחוקרים.

הספרים שנכתבו על-ידי חוקרי המכון רואים אור בהוצאות מסחריות בארץ ובחו"ל. ההערכה האסטרטגית לישראל, המתפרסמת אחת לשנה, כוללת סקירה של ההתפתחויות המשמעותיות בסביבה האסטרטגית של ישראל. סדרת המזכרים של המכון מציגה מונוגרפיות שנכתבו ברובם על ידי חוקרי המרכז ועוסקות בסוגיות אקטואליות עם השלכות ישירות למדיניות ישראל. הרבעון של המכון, עדכן אסטרטגי, מתפרסם בעברית ובאנגלית, כמו גם סדרת פרסומי מבט על. הפרסומים מופצים לכ-10,000 מנויים בישראל וכמספר הזה - בחו"ל, וכן לציבור הרחב באמצעות הרשתות החברתיות. רשימת התפוצה האלקטרונית של המרכז פתוחה לכול וניתן להצטרף אליה דרך רישום באתר זה. סדרת הפודקאסטים של המכון, הזמינה לציבור הרחב בגרסת אודיו ווידאו, בעברית ובאנגלית, מציעה ניתוח שבועי של אירועי השעה מפי חוקרי המכון.

לשם שמירה על החופש האינטלקטואלי של סגל החוקרים, נמנע המכון בעקביות מנקיטת עמדה מוסדית כלשהי בנושאים הנתונים בוויכוח ציבורי. הדעות המובעות בפרסומי המכון הן של המחברים לבדם ואין הן משקפות את הדעות של המכון, של חבר הנאמנים, הוועד המנהל, חברי סגל המחקר או של מי מהארגונים והאנשים הפרטיים, התומכים בו. פרסומה של עבודה והוצאתה לאור על ידי המכון מצביע על כך שנמצאה ראויה לעיונו של הציבור, אולם אין הדבר מרמז על אישור המכון למסקנותיה או להמלצותיה.