תחום מחקר זה הוקם במכון בשנת 2012, מתוך הכרה בחשיבות הנושא בכל הקשור להבנת המורכבות של הביטחון הלאומי בהיבטיו הפנים ישראליים.
בעוד שהמכון למחקרי ביטחון לאומי עוסק בהרחבה רבה בסוגיות מגוונות הכרוכות באיומים החיצוניים על הביטחון הלאומי, תחום המחקר העוסק ביחסי יהודים – ערבים מתמודד עם האתגרים על הביטחון הלאומי מתוך החברה הישראלית עצמה. בין הסיכונים הפנימיים על הביטחון הלאומי של ישראל, אנו סבורים שהמתח בין הרוב היהודי למיעוט הערבי מבטא סיכון רב חשיבות, כמו גם משקף הזדמנות חשובה לעתיד החברה הישראלית.
צוות תחום המחקר מאמין כי למרות ההבדלים החשובים בין הציבור היהודי לערבי בישראל, כמו גם הפערים הסוציו-אקונומיים ביניהם, הזקוקים לצמצום מהיר וקרוב, יש לשני הצדדים אינטרסים משותפים מכריעים. אלה צריכים לשמש בסיס איתן לשילוב מרבי של האוכלוסייה הערבית, על כל גווניה, בחברה הישראלית, על בסיס של שוויון אזרחי מלא. על הממשלה מוטלת חובה ראשונה במעלה לדאוג לצמצום הפערים בין היהודים לערבים ולמתן מנופים ותמריצים לפיתוחה הכלכלי של האוכלוסייה הערבית בישראל. אלה יבטיחו השתלבות של הערבים בכלכלה ובחברה הישראלית, דבר שיתרום במישרין לשגשוגה של המדינה על כול חלקיה ושבטיה.
בו בזמן, אנו מייחסים חשיבות רבה למגמות השליליות הפושות בחלקים של הציבור היהודי, המתאפיינות בהדרה מכוונת, בשנאה ואף בגזענות מול החברה הערבית. הצוות סבור שיש לחקור ולחשוף את השורשים של תופעות מגונות ושליליות אלה, הפוגעות בביטחון הלאומי של ישראל, מתוך שהן יוצרות תסכול ואף עוינות חוזרת מצד הציבור הערבי הנפגע. לממשלת ישראל יש הרבה מה לעשות גם בתחום זה. בראש ובראשונה שומא על הממשלה והשרים לפעול למניעה של הדרה פומבית או סמויה של הציבור הערבי, כפי שלצערנו קורה לאחרונה.