הסכסוך הישראלי-פלסטיני, בבסיסו מאבק בין שתי תנועות אתניות-לאומיות על פיסת ארץ אחת. הסכסוך מהווה אתגר מרכזי לביטחון הלאומי בשל השלכותיו הרב ממדיות – ביטחוני, כלכלי, מעמדה הבינלאומי והאזורי של ישראל וכן צביונה כמדינה יהודית-דמוקרטית.
התהליך המדיני שנועד לגבש הסכם כולל בין הצדדים שרוי במבוי סתום במשך תקופה ארוכה, בשל העדר יכולת להגיע להסכמות בנושאים כמו טריטוריה וגבולות, חלוקת ירושלים, שיבת הפליטים הפלסטינים וסידורי הביטחון. בד בבד, קיימים גורמים חברתיים-פסיכולוגיים ודתיים, המניעים את הסכסוך ואת האלימות.
התחושה הרווחת בציבורים גם הישראלי וגם הפלסטיני היא שאין פתרון בעל ישימות לסכסוך, ולכן הצדדים דבקים בניהול הסכסוך. הרחבת ההתנחלויות ופריסת מאחזים בעומק שטחי יהודה ושומרון, מזרחית לתוואי הגדר הביטחונית, יוצרת מערכת חיים מעורבבת ומפותלת בין יהודים לפלסטינים, שבעתיד לא ניתן יהיה להתירה ולנתקה. בפועל מתהווה מציאות של 'מדינה אחת' המאיימת על החזון הציוני של מדינה יהודית, דמוקרטית, בטוחה ומשגשגת.
נוסף על כך, לסכסוך הישראלי – פלסטיני נודעת השפעה רבה על "הרחוב" הערבי והמוסלמי ועל היכולת להרחיב ולהעמיק את הנורמליזציה בין ישראל למדינות ערב.
מטרתו המרכזית של תחום המחקר היא לבחון ולנתח את המגמות בזירת הסכסוך הישראלי-פלסטיני מנקודת ראות רחבה ורב ממדית, בניסיון לעצב המלצות למדיניות בתחום הביטחוני-מדיני ולגבש תפיסה ומדיניות לבלימת הגלישה למציאות של 'מדינה אחת' ובד בבד לסלול דרכים לאופציות מדיניות בעתיד.
תחום המחקר מעשיר ותורם לדיון הציבורי בנושאים אלה, מהווה כתובת אובייקטיבית לגורמים בינלאומיים המתעניינים בסוגיה הפלסטינית, ומסייע לתהליכי קבלת ההחלטות בדרגים המדיני, הביטחוני והמקצועי בבחינת התוצאות וההשלכות של החלטות ופעולות שננקטות בזירת הסכסוך הישראלי-פלסטיני.
