מלחמת האזרחים המתמשכת בסוריה היא אבן שואבת ללוחמים זרים מכל קצוות תבל. מספר לא מבוטל של לוחמים מגיע מהמיעוט האויגורי המוסלמי, שמרכזו במחוז שינג'יאנג שבצפון-מערב סין. מספר המתנדבים הסינים בסוריה נאמד בכ-5,000-3,000 לוחמים, הפועלים בעיקר תחת חסות שלוחת המפלגה האסלאמית של מזרח טורקסטן, אשר הצטרפה לקואליציה בהובלת היאת תחריר א-שאם, לשעבר שלוחתו הרשמית של ארגון אלקאעדה במדינה וכיום פועלת בנפרד ממנו אך בהזדהות עמו. מעטים הצטרפו לשורות 'המדינה האסלאמית'.

הלוחמים האויגורים התבססו בעיקר במחוזות הצפון-מערביים, בערים לטקיה, חמאה וחלב, עם נוכחות בולטת בעיר ג'סר א-שע'ור שבמחוז אדליב. שם, על פי הדיווחים, התיישבו האויגורים בבתיהם הריקים של תושבי העיר, שנמלטו עם משפחותיהם, והקימו מחנות אימונים. בזירות הקרב הלוחמים האויגורים יצרו לעצמם מוניטין של כוח לחימה בעל יכולות. הם נוהגים להשתמש בשיטת הלחימה "אנע'מאסי" (إنغماسيي - היטמעות), שמשמעותה טקטיקות גרילה ופעולות קומנדו, לצד שימוש יעיל במפגעים מתאבדים - בגינו זכו בשבחים רבים בקרב ארגוני הטרור באזור. על אף מספרם הנמוך, לוחמים אלה משחקים תפקיד מרכזי בקרבות, כפי שבא לידי ביטוי בתרומתם להשתלטות ארגון היאת תחריר א-שאם על מחוז אדליב שבסוריה.

המפלגה האסלאמית של מזרח טורקסטן הוקמה בסין בשנות ה-40 של המאה הקודמת על ידי אויגורים. היא מורכבת מבני המיעוט הטורקי-מוסלמי, והיא פועלת למען מספר מטרות: א) שחרור מחוז שינג'יאנג משליטה סינית. האויגורים נהנו מעצמאות לפרקים, אך סיפוח המחוז לסין על ידי המפלגה הקומוניסטית ב-1949 והדיכוי של המרד האויגורי על ידי צבא סין בודדו אותו מסביבתו הטבעית במרכז אסיה; ב) הפסקת ההתיישבות "ההאנית" במחוז. עד היום, ממשלת סין אוכפת את החוק במחוז באמצעים נוקשים. לדוגמה, באמצעות העברת סינים המכונים "האנים", או "סינים טהורים", אל המחוז, מתוך מטרה לדלל את מספר האויגורים המוסלמים ולצמצם את השפעתם, מה שגורר אפליה אתנית-תרבותית כנגדם; ג) הקמת מדינה טורקית-מוסלמית. כחלק מזרם הסלפיה באסלאם, הקיצונים האויגורים שואפים למדינה מוסלמית תחת חוקי שריעה שתהפוך לאמירוּת בדרך לכינון ח'ליפות עולמית.

עוד בשנות ה-80 אויגורים לקחו חלק במלחמה באפגניסטן בשורות המוג'אהדין, נגד ברית המועצות. בדומה למדינות רבות אחרות שייצאו לוחמים זרים לזירות הקרב באפגניסטן, חזרתם של הלוחמים לסין עם סיום המלחמה בשנת 1989 הביאה לעלייה בפעילות הטרור במדינה. חלה עלייה באלימות במחוז שינג'יאנג והתנועה הבדלנית האויגורית צברה תאוצה. דמות מפתח היה חסן מחסום, אשר עיצב את ארגון המפלגה האסלאמית של מזרח טורקסטן מחדש, נשבע אמונים לאל-קאעדה בשנת 2000 והבטיח כי ארגונו יגביר את פעילותו במרכז אסיה וסין. שבועה זו הייתה לנקודת מפנה במפלגה, שמגוף מקומי בסין הפכה לארגון טרור בעל אספירציות בינלאומיות. מחסום נהרג בפקיסטן בשנת 2003 בידי צבא פקיסטן. יורשו הוא עבדול אל-האק אל-טורקסטני, שתחת הנהגתו חוזקו הקשרים בין המפלגה האסלאמית של מזרח טורקסטן לאל-קאעדה. הוא אף מונה בשנת 2005 לחבר מועצת השורה של הארגון. אל-האק היה זה שהורה - בנוסף לבסיס פעולתם באפגניסטן - להקים תשתית עבור האויגורים בעיריית סראקב בסוריה בשנת 2012, בתמיכת מאמצי שלוחת אל-קאעדה באזור.

הלוחמים האויגורים תורמים את חלקם למערכה בסוריה, אך המטרה העליונה עבורם היא הג'האד העתידי כנגד ממשלת סין בשינג'יאנג. כך המפלגה האסלאמית של מזרח טורקסטן מצדיקה את פעילותה בסוריה, כמלחמה כנגד מדינה בעלת ברית של סין. לאחרונה אף נשמעו מספר הצהרות בקרב צמרת המפלגה, שהובאו בחומרי התעמולה מטעמה, לפיהן הלוחמים האויגורים מתכננים לעזוב את סוריה ואף פועלים לגיוס אזרחים סורים לטובת הג'האד העתידי בשינג'יאנג. למרות זאת, הסבירות שהמפלגה תחזור לפעול בסין נמוכה נוכח השליטה המתחזקת של ממשלת סין ומזכיר המפלגה צ'ן צ'ואן-גואו במחוז, על רקע החשיבות הגדולה של המחוז ביוזמת "חגורה ודרך" (יח"ד) הצפויה להוביל לפיתוח כלכלי ניכר.

לפיכך, קיים סימן שאלה בדבר היעד הבא של האויגורים. יעד אפשרי הוא מיאנמר, שעשויה להפוך לזירת ג'האד חדשה. דיכוי המיעוט המוסלמי הרוהינגי שבמערב מיאנמר על ידי הצבא גונה על ידי ארגוני ג'האד רבים. המפלגה האסלאמית הטורקסטנית פרסמה מספר קריאות תמיכה ברוהינגים, וההנהגה המרכזית של אל-קאעדה, (ובכלל זה מועצת השורה ומנהיג שלוחת אל-קאעדה בתימן) פרסמה קריאת למוסלמים בדרום-אסיה ובדרום-מזרח אסיה לנסוע למיאנמר על מנת לבצע ג'האד כנגד הצבא המקומי. מיאנמר וסין חולקות גבול של כ-2,200 ק"מ, החוצה מחוזות שאינם יציבים וסובלים מבעיות כלכליות, ריבוי סכסוכים אתניים. שתי המדינות לא מצליחות לאכוף את החוק באופן יעיל במחוזות הגבול שלהן, דבר שהביא למעורבות סינית בחודשים האחרונים להגברת ביטחון הגבול. יתרה מזו, סין רואה במיאנמר כנדבך אסטרטגי למיזם "חגורה ודרך" משום משאביה הטבעיים, ובהתאם משקיעה סין במדינה בתחומי תשתיות ומסחר. הנוכחות הסינית הגוברת היא עוד מניע עבור המפלגה האסלאמית הטורקסטנית להעתיק את פעילותה למיאנמר, לא בעבור המוסלמים המדוכאים בלבד, אלא גם בכדי להמשיך את מאבקה בסין. בשל סיבות אלו, גוברים הסיכויים שמיאנמר תהיה היעד הבא עבור לוחמי הג'האד האויגורים.