תחום המחקר בנושא טרור ומלחמה בעצימות נמוכה במכון למחקרי בטחון לאומי, ממקדת את פעילותה בחקר הטרור והשלכותיו האסטרטגיות, הביטחוניות והמדיניות על ישראל. המחקר מתמקד בטרור בלבנון בדגש על חזבאללה, גורמי הג'יהאד הסלפי והמעורבות האיראנית והסורית בפעילותו, במגמות בטרור המתבצע בזירה הבינלאומית, בדגש על הטרור האסלאמי-הפונדמנטליסטי של אל-קאעדה והג'האד העולמי, ובמאבק בטרור (אסטרטגיות, דילמות וכו').
מעבר למעקב אחר פעילות של ארגונים ספציפיים, מתמקד תחום המחקר במעקב וניתוח דפוסים ושיטות פעולה ייחודיות שביניהן בולטת במיוחד תופעת פיגועי ההתאבדות אשר פשתה בעולם והפכה להיות דפוס הפעולה המוביל והאפקטיבי ביותר בידי ארגוני הטרור, חטיפות והתבצרויות עם בני ערובה, טרור בלתי קונבנציונאלי, ודרכי ניהול של לוחמה פסיכולוגית בידי ארגוני טרור.
בנוסף, עוסק תחום המחקר במחקר ההיבטים השונים הקשורים בסוגיות השבי, שבויים ופידיון שבויים והשלכותיו לאורך שנות קיומה של מדינת ישראל, לנוכח התמודדות אפשרית נוספת בעתיד עם הדילמות שסוגיות אלה מעוררות בפני מקבלי ההחלטות והציבור הרחב בישראל.
פעילות תחום המחקר כוללת כתיבת מאמרים הרואים אור במסגרת פרסומי המכון, כתבי-עת מקצועיים וספרים וארגון כנסים, ימי עיון, שיתופי פעולה עם ארגונים מקצועיים וציבוריים, תיעוד פדויי שבי ופיתוח תכניות העשרה בנושא לצד, קיום מפגשים עם מומחים ועיתונאים מהארץ ומחו"ל, חוקרים ומורים, כדי להטמיע את נושא השבי והשבויים במערכת הציבורית ובכדי לקדם את המחקר האקדמי בתחומים השונים.
בחמש השנים האחרונות גברה עד מאוד פעילותה של איראן בזירת הטרור הבינלאומי, תוך שהיא מתפרסת על פני זירות גיאוגרפיות נרחבות ומשלבת ארגוני פשיעה בהוצאה לפועל של פעולות טרור. אף שמרבית ניסיונות הפיגוע האיראניים סוכלו, לא לעולם חוסן ולא ניתן להבטיח כי כך יהיה גם בהמשך. לפיכך יש לבחון את מאפייני השימוש האיראני בטרור על מנת להגביר את הסיכויים לבלימתו.
מזכר זה בוחן את מדיניות הפעלת הטרור האיראנית בזירה הבינלאומית בחמש השנים האחרונות, את המגמות שאפיינו אותה ואת דרכי הפעולה שלה, תוך מיקומן בהקשר ההיסטורי הרחב של השימוש האיראני בטרור לאורך השנים.
בחינת מדיניות הטרור האיראנית מצביעה על מגמה מדאיגה, המראה כי איראן דבקה בהפעלת טרור בינלאומי ואף מעצימה את מאמציה בהקשר זה, תוך נכונות להסתכן בחיכוך עם מדינות רבות על מנת לממש את מדיניותה. מגמה זו מחייבת תשומת לב, הן בפני עצמה והן משום שהיא סימן לתעוזת יתר ולהפגנת ביטחון מצד איראן בעצם הפרת הנורמות הבינלאומיות והריבונות של מדינות, שעשויות לבוא לידי ביטוי גם בהקשרים אחרים.
צומת 11/9 - מסע בעקבות הטרור של אל-קאעדה, דאע"ש ושותפיהם
היום הנורא שנצרב בזיכרון האנושי ובדפי ההיסטוריה – ה-11 בספטמבר 2001 – היווה צומת דרכים מרכזי בהתמודדות הבינלאומית עם הטרור של ארגוני הסלפייה-ג'האדייה. הפיגועים המחרידים וחסרי התקדים בניו יורק ובוושינגטון הפכו את "הג'האד העולמי" מתופעה שולית בזירה הבינלאומית לאיום הטרור העיקרי מאז ועד היום. מתקפת הטרור ההיא שינתה את ההתייחסות של ארצות הברית ושל מדינות המערב כלפי האיום הגלובלי המתפתח, והן הפעילו נגדו מגוון אמצעים צבאיים, פוליטיים, משפטיים, דיפלומטיים וכלכליים ואף יצאו לשלוש מלחמות באפגניסטן, בעיראק ובסוריה בשם "המלחמה בטרור העולמי". מדינת ישראל, שצברה ניסיון רב בלחימה בטרור הפלסטיני והשיעי, נדרשה לבצע התאמות במדיניות הביטחון שלה למול הטרור הג'האדיסטי הסוני, שכוון נגד יעדים ישראליים ויהודיים בתוך ישראל, לאורך גבולותיה ומחוצה לה.
ספר זה הוא הראשון שנכתב בעברית ובוחן במבט לאחור את פיגוע הטרור החמור ביותר בהיסטוריה ואת תוצאותיו בחלוף יותר משני עשורים. הוא כולל ניתוח נרחב של התפתחות ציר הטרור הסלפי-ג'האדי מהקמת אל-קאעדה ועד ארגון דאע"ש, שבשיאו קמה "המדינה האסלאמית" כישות מדינתית קצרת ימים, ששלטה על שטחים נרחבים בעיראק ובסוריה וגייסה אלפי מתנדבים מרחבי העולם למאבק אל מול ציר בינלאומי שלחם נגדה.
הספר מתאר כיצד למרות אובדן הטריטוריה הגיאוגרפית של "המדינה האסלאמית" ועל אף ההצלחות בחיסול מנהיגי אל-קאעדה ודאע"ש, הגחלים של תופעת "הג'האד העולמי" עודן לוחשות במזרח התיכון, בערבות אפריקה ובכרכים הגדולים של אסיה, והעשן העולה מהן מרחף גם מעל מדינות המערב. פעילי הג'האד מצפים להתאוששות ולבואו של דור חדש שיפיח את להבות הטרור הסלפי-ג'האדי בצומת הבא.
מאמר זה מנתח את ההתרחבות התפעולית של שיתוף הפעולה באיחוד האירופי בתחום המאבק בטרור מנקודת המבט של פרויקט RAN (Radicalisation Awareness Network). המאמר מתמקד במודל שיתוף הפעולה של פרויקט RAN, במניעים להקמתו ובתרומתו הכוללת, ומציע מסגרת חדשה ונקודת מבט רב-תחומית לקובעי מדיניות באיחוד האירופי לשם התמודדות עם אתגרי המאבק בטרור. הטענה העיקרית היא שפרויקט RAN הצליח להשיג את מטרתו המרכזית – הקמת רשת כלל-אירופית מקיפה ומהירת תגובה של אנשי מקצוע וגורמי חברה אזרחית. ואולם הפרויקט לא הצליח עד כה להגביר את יעילותו באמצעות בחינה אקדמית קפדנית והערכת הפרקטיקות שלו.