תחום המחקר בנושא כלכלה וביטחון לאומי עוסק בסוגיות כלכליות הנוגעות בעניינים הבאים המטופלים במכון: נושאים אסטרטגיים של ישראל, הפלסטינים, מדינות ערב והאיסלאם השכנות, חברה וביטחון, והחזית האזרחית. בין הנושאים הספציפיים בטיפול כעת: תקציב הביטחון, מודל הגיוס הצה"לי, שיקום כלכלי של עזה, משטרי סנקציות, מצבם הכלכלי-חברתי של ערביי ישראל, כלכלות המדינות הסובבות את ישראל, סקירה של כלכלת ביטחון.
תחום המחקר הוקם במרס 2014 ומקיימת דיונים, סדנאות וימי עיון. חברי תחום המחקר תורמים לפרסומי המכון השונים ובהם מבט-על, העדכן האסטרטגי, ההערכה השנתית ועוד.
תחום המחקר ממומן על ידי קרן ניובאור, פילדלפיה.