הצטרף כחוקר למכון למחקרי ביטחון לאומי ב-2009. בין השנים  2005 - 2009 ריכז את הטיפול בסוגית הגרעין האיראני במטה לביטחון לאומי במשרד ראש הממשלה, בתחילה כמרכז בכיר לבקרת נשק ובהמשך כראש תחום איראן. מר גוז'נסקי עסק בהובלת עבודות מטה, ריכוז פרויקטים, ומתן המלצות למדיניות לדרג המדיני הבכיר. כמו כן, היה חבר בצוות מומחים לגיבוש אסטרטגיה הסברתית בנושא האיראני, מרכז צוות להערכת מצב ביטחון לאומי בנושא איראן וחבר בצוות שעסק באינטגרציה של הערכות המודיעין. יואל גוז'נסקי, משלים כעת לימודים לקראת תואר שלישי (Ph.D) ביחסים בינלאומיים. עורך הקובץ עיונים בהרתעה, המכללה לביטחון לאומי והמטה לביטחון לאומי, פו"מ ההוצאה לאור, ספטמבר 2008.